《我在清朝当密探》影片讲述了康熙年间，平熙皇帝武三桂派长子吴英雄到北京求婚，以巩固权力的故事。身为特务的王小宝和忠于宁王妃的公孙不儿，被他们捡了起来，听了真相。吴英雄与嘉宁公主结婚时被特务王小宝等人阉割，胜利后返回云南。平溪王吴三桂得到消息，大怒，起兵出卖。康熙命王小宝率三军镇压叛乱。事故中，王小宝得到了外星来客玛丽亚的帮助，狗用策略的结果拦截了粮草，在李楚礼的对外合作下，策动了打败皇军的吴三桂叛军。最终，她得到了赏赐，将建宁公主许配给了王小宝。公孙布尔虽然心地卑微，但在王小宝和飞燕的帮助下，解开了心结，兄弟俩和好如初。