《围棋少年》故事发生在明朝末年，倭寇入侵，围棋界也遭受了前所未有的撼动和打击，代表着正义的围棋精神和代表着邪恶的围棋精神激烈交锋，平静的表象之下弥漫着浓烈的硝烟。江流儿（徐刚配音）被父亲寄养在凌云寺，在那里，江流儿展现出了杰出的围棋天赋，受到了老和尚圆德（王肖兵配音）的赏识。江流儿的父亲江灵运身为朝廷官员，在调查妖刀王（袁国庆配音）通寇一案时发现了其中的蹊跷，随后被暗杀，江流儿成为了孤儿。在圆德和尚的激动之下，江流儿正式走入了围棋界，决心加入界内最权威的比赛——围棋国手大赛。然而，简单善良的江流儿不谙世事，遭到了西金棋院的利用，他就像棋坛中的一颗炸弹，散发出了无穷的破坏力。