《围剿2006》故事发生在抗战末期（1944年冬），当时日军九人小队奉命下山寻找当年存放细菌武器的洞穴。与此同时，山上唯一的一家人正在杀猪，为死去多年的祖父庆祝生日。就在这个时候，九人小队冲进了院子，最后除了逃跑的三个儿子之外，全家都杀了。离开后，日军队伍终于在后山找到了一个山洞，却突然发现自己无法下山回归生活，因为单纯的中国人已经被日本鬼子的兽性所激怒了.三兄弟要报仇！于是，三个农民儿子和九个全副武装的日军开始了一场战斗。三个原本单纯的普通人，用大刀、斧头、绳索、铡刀、铁叉等农具，对鬼子进行掩护刺杀，将鬼子困了近两年。他们利用熟悉的山脉和地形将日本人困在山洞里，直到他们一个个筋疲力尽才敢下来。这两年，老战死了，第三战死了，只剩下最胆小的二喜，而鬼子这边也只剩下了无情的鬼子队长。此刻，影片也达到了高潮。此时的战斗变成了两个人的战斗。每天的骚扰，每晚的石击，每晚的叫喊，成为了战斗的主题。这场战斗没有农民和士兵，有正义。冬天去春天，秋天去冬天。两个人的战斗每天都在上演，两个人每天睁眼的唯一目的就是为了自相残杀。二喜要对方杀人赔命，鬼子队长要下山完成工作。相持中，两年过去了，但两人的竞争仍在继续。直到我们解放军来到这个荒凉已久的山村，才发现这里还存在着这样一场特殊的战斗。最终，鬼子队长绝望自杀，二喜喜极而泣。