《天机密令》故事讲述太初元年，正道帝与妖神凯耶果断决战赤坪，玄帝重金将妖神凯耶封印在赤坪。为了不让妖神复活，玄帝动用玲珑仙府，压制了禁区内妖神凯耶的魂石。一万年后，玲珑仙府成为仙湖小学。新生张自然在学校遇到了各种晦涩的诡异事件和各种惊心动魄的经历，最终揭开了隐藏在学校深处的神秘秩序，出手干预。在战胜恶灵的战斗中，张子然和他的伙伴们终于机智勇敢地战胜了恶势力。仙湖小学恢复了接下来几天的宁静。