《麒麟特战队之机甲核心》2069年，纯洁动力革命实行，月球成为解决地球能源危机的理想之地。一艘国际能源团体的月球运输船被偷袭，所运载的新型核能材料He-3被曾经叛逃能源团体的科学狂人KSTAN劫持，KSTAN妄图用He-3配合氢同位素完成他的机甲中心来摧毁能源集团。于是此时已经流入黑市的氢同位素混合器，成为了国际能源集团（科技商业组织）、东亚安全共同部（政府部门）和以KSTAN为首的黑色凌晨组织（恐怖组织）三方势力的共同目标，一场围绕氢同位素的混战行将打响······