《破军X档案隐身人》在一次禁忌实验中，神秘组织意外导致代号接收者林中飞成为隐形人，从而从世界上消失。三年后，由于种种离奇案件，新上任的刑警吴明走进了大家的视野，但他的真实身份竟然是失踪三年的林中飞。新破军萧剑本能地识破了林中飞的阴谋，却遭到了心爱的恋人耀光的质疑。林中飞的计划一步步让大家陷入绝境。显然，他的目的不仅仅是复仇。生死关头，萧剑只身赴约，与隐形人展开生死对决……