《名侦探柯南：银翼的魔术师》知名舞台剧演员木树莉这天收到了快斗·基德的通知信：一连串26封信，他前来索取价值连城的“命运宝石”。毛利小五郎受慕树礼指派看信，以为基德会在昨晚演出前来偷宝石。当晚，他和柯南、小蓝等人来到了电影院，电影院里已经有很多警察在等候。出乎柯南意料的是，基德假扮工藤新一出现在大家面前，但在他和大家目的不同后，宝石并没有被盗，柯南这才意识到这封信与这次飞行有关。而在柯南、小兰、木树理等人乘坐的飞往北海道的飞机上，又一场谋杀计划正在被精心布置。