《名侦探柯南：远海的侦探》阳光明媚的季节，江户川柯南（高山南配音）、毛利小五郎（小山力也配音）、小兰（山崎风奈配音）和少年侦探团的朋友们一起来到了京都。他们即将登上自卫队宙斯盾号。战舰，体验出海战斗的发现，期间还结识了美丽又有些神秘的女自卫队队员藤井七海（柴由纪配音）。没想到，愉快的气氛很快就被恐惧所取代。战舰上突然发现断臂，失踪的自卫队队员引起了军方的恐惧和猜测。原来，来自某国的神秘间谍X已悄悄登上神盾，伺机窃取战舰绝密情报。为了寻找隐藏的对手，柯南与灰原爱（林原惠美配音）、阿笠博士（绪方健一配音）、服部平次（堀川亮配音）、远山一叶（宫村优子配音）合作，开始了与间谍的一系列斗智斗勇……