《名侦探柯南·黑铁的鱼影》故事发生在东京八丈岛海岸,连接世界各地警方监控的高科技设施太平洋浮标即将启用。来自世界各地的工程师聚集在这里,以便与欧洲刑警组织的管辖范围建立联系。基于面部识别的全新黑科技也正在测试中。与此同时,柯南一行人前往八丈岛观鲸。途中,柯南接到冲谷昴(赤井秀一饰)的电话,得知欧洲刑警组织成员在德国遭到强奸。酒精会杀人。柯南潜入太平洋浮标调查真相。正当工程师们为系统启动做准备时,突然发生了一起案件!一名女工程师被黑暗组织绑架,她手中含有核心技术的U盘也落入黑暗组织手中!这时,水下传来了不明潜艇靠近的声音,令人毛骨悚然,而一个神秘的黑色身影也在悄然靠近灰原爱。