《魔法禁书目录》故事讲述了这座城市从东京西部分离出来的故事。“超能力开发”被列为学校课程的一部分。230万人口中，80%是学生，故称学院。在城市里，他们每天都在争夺超级大国的发展。根据能力不同，可以分为6个等级，从无能（Lv0）到超能力（Lv5）。故事的主人公上城当麻，在学院里是个无能的人，但也不是完全无能，而是他的能力可以抵消所有神通的效果。他只能用右手使用这个能力，而且他还将自己可以抹杀神迹的能力命名为“幻想杀手”。而也正是因为他的右手，似乎抹杀了上帝所有的祝福，他才导致自己过着不幸的生活。一个暑假的一天，在他家的阳台上，他遇到了一位尼姑。少女自称茵蒂克丝，逃离了魔法世界。现在她正被魔术师追赶。.就这样，上条当麻踏入了美妙绝伦的世界，开始了战斗……掌握了十三万终极魔法书（魔法书）的少女和抹杀了所有奇迹的神之手作为少年，他将面对一系列的故事……