《皿三昧》舞台是浅草。初中二年级的矢逆一稀、久慈悠、阵内燕太三人，某天遇到了神秘的河童型生命体“Keppi”，并被强行夺走了尻子玉而变成了河童。“想要变回原状的话，就经过‘某个方法’爆发联系，并把僵尸的尻子玉拿来吧”。Keppi如此告知三人。究竟少年们能否彼此爆发联系，并篡夺僵尸的尻子玉呢？！与此同时，新星玲央和阿久津真武执勤的派出所，犹如也发生了什么。