《牡丹仙子之皇帝诏曰》电影讲述的是“天下第一牡丹”的故事。冬日，武则天下旨要百花开放，看护牡丹的花女瑞玉（袁菲饰），执意守护花期，不肯让牡丹违时开放，被武则天贬往洛阳。流放途中，瑞玉无意得到武承嗣谋反证明，而被武三（郭丰周饰）一路追杀。道路古县时，又遇瘟疫肆虐，民不聊生。瑞玉劝说押送官兵能稍作中断，为百姓治病。同时，狄仁杰得悉证明去向，派出侍卫唐大成（黄榛饰）暗中养护瑞玉（袁菲饰），贫瘠的古县城即将掀起一场血雨腥风……