《科学小飞侠》在未来的世界里，感染X病毒的恶魔党将带着强大的红盾出现在地球的每一个角落。在短短的7天之内，地球的一半领土就被宣布沦陷。人们流离失所，躲在最后的保留地，流连忘返。国际科学技术部（ISO）的南部博士（岸谷刚雄）发现，神秘的石头可以赋予某些人群以力量，而拥有增强力量的超级战士是阻止恶魔党的最佳人选。之后，鹫尾武（松坂桃里饰）、大月润（绫目五里木饰）、大月真平（滨田凉太饰）、中西流（铃木良平饰）等获得了ISO发掘。普通人想不到特殊训练，他们长大后是为了对抗恶魔党的科学忍者战士。某战后，肯的老朋友乔治·朝仓（绫野刚饰）加入，奉命保护逃亡的恶魔党首领伊利亚（中村狮童饰），以获取最后的细节。自杀项目。面对这个深仇大恨的敌人，简和乔治的心悄悄发生了变化……