《今天也是招人嫌的便当今日も嫌がらせ弁当》故事围绕生活在日本八丈岛的一对母女展开。由于父亲早逝，母亲不得不成为单身母亲。为了抚养孩子，她不得不打工，经常早出晚归。姐姐在家照顾妹妹，所以母亲缺席了姐妹俩的童年成长。这也造就了小女孩的古怪天性。由于童年的经历，最小的女儿经常什么都不说，特别是在青春期，并且经常对她的母亲态度恶劣。母亲决定用自己的厨艺改变一切。青春期的女儿刻意拒绝可爱的东西，于是妈妈开始制作各种可爱的便当，让女儿在同学面前难堪。渐渐地，妈妈会在厕所里把想说的话传递给女儿，母女之间的互动也逐渐增多。女儿开始隔着饭盒听妈妈的话，逐渐承担起了家务。妈妈也会对上厕所的年幼无知的女儿给予很多的倡导和引导。面对升学压力，女儿想实现儿时的理想，和妈妈一起经营餐厅。母亲不接受女儿的想法，母女沟通出现障碍。这时，母亲被发现生病了，也正是以此为契机，母女之间的隔阂逐渐消失。最终，女儿选择坚持完成童年的理想，决定去东京学习和组织。