《假面骑士亚马逊们第二季》从那时起已经5年了。亚马逊几乎被逐出，世界变得更加和平。然而，被亚马逊细胞感染的人亚马逊化的普遍现象继续爆发。为此，政府成立了一个新组织4C，以神秘地驱逐亚马逊化人类。其中，小时候被亚马逊抚养的少年千翼，为了对抗亚马逊而化身为假面骑士亚马逊Neo。但出现在他的面前，被他天生的同类相食驱使的，是一个化身乌鸦亚马逊，化身为生化武器战斗的玉女。这么优秀的他，第一次没想到“想吃”，就被她给吸引住了。而宇的真面目是亚马逊，在被亚马逊的父亲杀死后复活为西格玛型。