《精灵宝可梦：去往超克的时空》以成为神秘宝贝大师为目标，小智（松本梨香配音）、小刚（うえだゆうじ配音）和小光（豊口めぐみ配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行劳累的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了得意秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神....