《精灵宝可梦：超梦的逆袭》最强的宝可梦超梦（市村正明配音），人类基因技术克隆的最强宝可梦，带着对自己身份的怀疑和对人类的强烈愤怒从研究所逃了出来。复仇。已经获得八枚奖牌的小智（松本梨香配音）以成为口袋妖怪训练师为目标继续旅行。他带着皮卡丘（大谷玉江配音）和他的同伴小夏（饭冢正宏配音）小刚。（植田雄二配音）刚和驯兽师战斗完，就接到了神秘人的邀请，邀请他们参加世界最强精灵驯兽师的宴会。地点是新岛宝可梦城，是来自最强训练家的邀请。他们欣然同意，小智一行人越过风雨如磐的海岸，终于到达了新岛。一位名叫乔伊的医生将他们带到了口袋妖怪城，并介绍了最强的口袋妖怪训练师。没想到，出现在众人面前的，竟然是超萌。超梦的报复究竟是什么，一场战争即将开始……