《境界战机第二季》公历2061年，日本被世界四大经济圈瓜分统治。作为附属国的人民，日本人每天都过着悲惨的生活。日本也因在各个经济界推出的特殊人形机动武器AMAIM走在了世界前列。Shiiha，一个喜欢停滞不前的小男孩，有一天遇到了一位自律的AI。以此为契机，他坐在自己组装的AMAIM上，全身心投入到夺回日本的战斗中。