《进击的巨人真人版：后篇》在经历了难以想象的艰辛和磨难之后，阿兰·叶卡（三浦春马饰）和阿明·阿诺德（幸田本吾饰）等不同背景的年轻人终于成为了调查团的合格成员。他们奉命在城墙外进行第一次调查，却被可怕的巨人追杀，伤亡惨重。艾伦为了救自己的朋友，被巨人口中所杀，谁知道在巨人的肚子里，他体内的神秘基因被唤醒了。变身为巨人的艾伦狂奔，以压倒性的力量击退了一波又一波的巨人。激战过后，艾伦恢复了原形，他的异变也引起了政府的极大关注。昏迷中，沉睡已久的记忆悄然揭开了艾伦体内隐藏的秘密和家人所遭受的悲剧。当艾伦面临被处决的厄运时，铠甲巨人突然闯入，将他带走。在一个孤立的房间里，艾伦和式岛（长谷川博美饰）背靠背。关于巨人，关于调查组，关于这个世界的所有秘密……