《记忆中的玛妮》初中女孩佐佐木杏奈（高月彩良配音）深藏无限的愁绪心事，她与怜爱自己的养母赖子（松岛菜菜子配音）也无法坦然相对。由于上学功夫突发过呼吸的情景，于是杏奈利用暑假来到了风光秀美的北海道札幌市，在亲戚大岩清正（寺岛进配音）和阿节阿姨（根岸季衣配音）家疗养。在叔叔家不远处的溪地，矗立着一座老旧但风韵独存的西式建筑，奇妙的感觉令杏奈注意到了它的存在。某个夜晚，心情低落的杏奈划着小船超该建筑划去，结果发现本该许多年没人寓居的房子居然灯火通明，并且她在那里邂逅了与之年龄相仿的金发碧眼女孩玛妮（有村架纯饰）。相似的心境让两个女孩成为好伙伴，她们依恋着彼此，却不知各自的心底隐藏着怎样令人难以置信的因缘……本片根据英国小说家琼安·G·罗宾森的同名儿童文学改编。