《金枝欲孽》故事发生在清朝。又一批新晋美女从本地被推荐到京城参加竞选，其中包括出生在上三旗的湖广省长侯嘉育英的女儿（黎姿饰）、尔纯（佘诗曼饰）以及其他显赫家族。.不料，运送这些美女的公车半路被土匪抢劫，官兵被土匪杀害。眼看这些美女都会落入土匪之手。这时，将贡品运到北京的孔武（陈昊饰）和陈爽路过，救出了修女。后来，他们千辛万苦躲避追击，毕竟是护送修女平安到了北京。侯嘉玉英和二纯逃亡时成了金兰。事实上，他们暗中有着自己的计划。二纯和她的两个姐姐把玉莹视为最大的对手，千方百计排斥她，让她受苦；玉莹表面上，他是个倒霉蛋，好可怜，可他却是透明的，有自己的手段。两人想博得皇上的欢心，二纯也想在争执中掩饰自己背后的秘密。没想到太医孙白洋（林保义饰）的出现，让玉英和二纯的计划落空，后宫陷入挣扎。一步一步变得更加危险。