《锦衣卫》明朝末年皇帝愚昧，多次保家卫国的锦衣卫被汉奸利用，化作刺杀工具，震惊世人。因密谋篡位被处死的庆亲王（洪金宝饰）流放塞北多年，但他的志向是不死。他暗中勾结太监贾靖忠（罗家英饰），企图卷土重来。贾靖忠在中洲掀起一场血腥风暴，不愿服从的人将被杀。锦衣卫的指挥官石青龙（甄子丹饰）因在任务中制造贾靖忠的阴谋而被追捕。在茫茫沙漠中，青龙准备在镖头之女乔华（赵薇饰）和沙漠审判官（吴尊饰）的帮助下阻止庆王和贾靖忠的阴谋。天鹰帮。武功的沱沱（徐子山饰）也带着追杀青龙的任务赶往雁门关……