《黑太阳731之死亡列车》哨声响起，731部队总部集结在广场上，参谋宣布731的所有机密和历史遗迹将在离开前销毁。在实验室里，伊藤在破坏病菌温床时割手感染了病毒。秋山像其他人一样帮助他上了唯一的逃生列车。在行驶的火车上，伊藤和女医生都病重了。细菌继续传播，引起恐慌。这列火车已经变成了死亡火车。