《黑客帝国动画版》由9段以系列电影世界观为前提生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣周旋，终于反抗并将人类化为能源。讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。叙述由于系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。记载了一艘飞船毁灭的经过。