《黑雨》尼克·康基普（迈克尔·道格拉斯饰）是一名纽约警察，因盗窃毒资而受到调查。某日在一家餐厅，尼克和搭档文森特（安迪加西亚饰）无意中卷入一场日本帮派斗殴，两人抓住了主犯佐藤（松田雄作饰），却被佐藤抓住了。神秘方块消失了。日本方面要求引渡佐藤，尼克和文森特只好护送佐藤前往大阪。不料，在机场，尼克误将佐藤交给了一名变相的黑帮成员。不愿失去囚犯的尼克和文森特作为旁观者，在日本助手兼翻译松本政博（高仓健史）的协助下，继续调查佐藤案。不久，文森特被佐藤一伙人杀害，尼克的处境也越来越艰难，但他却执意要在黑暗陌生的城市抓到凶手……