《海神密码》故事发生在公海之上，在传说中，公海的海底生活着一种史前巨兽，守护着价值连城的巨额宝藏。不胫而走的消息很快引起了世界各国的注意，美国、日本等国亦纷纷派出特工明察暗访，想要超过一步得到宝藏。查尔斯（彼得·斯特曼PeterStormare饰）是一名美国高级间谍，野心勃勃的他是一个为了达到目的不择手段的人，眼看着别国的特工离宝藏越来越近，查尔斯决定不法雇佣不法集团为他处事。就在宝藏的争夺战逐渐白热化之际，从来发射着信号的深海巨兽竟然一夜之间失去了踪迹。海警林海（张旭饰）发觉了海面上正在进行的不法行动，他带领着队员们和不法分子开始了殊死比较。