《海狼1991》逃离越南的约翰（任达华饰）帮助他兄弟的菲律宾货轮。谁知道他的兄弟在从事杀人和贩卖商品，赚了很多钱却背负了很多血债。一天，在前往香港的途中，一艘货轮遇到一群滞留在海上的越南难民。船员们假装要救他们，但难民上船后，他们亮出了他们的屠刀。约翰认出了他的老朋友加里（周景阳饰），拼命救了他，而加里在碰撞中失去了回想。该货船在香港码头接受审讯。身份不明的加里打伤警察跳下船，导致货船被当局扣留。船长们担心加里会透露谋杀的内幕，并派船员追查谋杀案。在随后的几天里，码头发生了一系列凶杀案。香港警务处女督察（杨丽静饰）发现与逃跑的加里有关，立即展开追击，但在此过程中，她发现另有隐情……