《钢铁侠：纳米魔崛起》斯塔克新研制的天窗卫星“霍华德”即将起飞，其超强监视功能一直备受争议。而托尼·斯塔克则对与身穿各自盔甲的战争机器詹姆斯·洛德进行一系列惊心动魄的战斗很感兴趣。就在这时，被称为“突击兵”的武装机器人入侵发射场，与钢铁侠和战争机器展开了激烈的混战。至于命令，一个自称以西结的白甲神秘人释放出神秘的生物细胞，将眼前的生物全部杀光。钢铁侠在决斗中惨败，指挥塔被彻底摧毁。之后，他中断了向神盾局报告细节，并找到正在度假的佩珀·波茨独自调查以西结的身份和真正目的。一方面，神盾局。正在追逐斯塔克；另一方面，来自黑暗的敌人也在一个接一个的攻击他……