《钢铁飞龙3山海神兽录》未来，邪恶的天网将带领宇宙大军统治地球，司徒乐将带领人类顽强抵抗，天网大军将稳步后退。为了扭转局势，天网派出了大量怪物回到了过去，发誓要杀死小时候的司徒乐。多次失败后，天网决定亲自回去组织司徒乐一行。天网设下圈套，将司徒乐和铁飞龙送到中国的另一个世界，驱赶自己打造的机械山海怪物，对司徒乐等人发起猛攻。就在他们孤立无援的时候，司徒乐和铁飞龙从残破的书页中发现了一种神秘的力量，借助这种力量，他们召唤出了全新的山海妖机甲。面对险恶的山海世界，司徒乐和钢铁飞龙驾驶着全新的神话兽机，一次次击退天网的怪物，踏上了归途。在乐乐与扶桑的战斗中，现实世界中出现了一个与丁嘉怡极为相似的人物。危急时刻，乐乐被救出，并触发了一定的能量，让五台钢铁飞龙机器人顺利融合。在击败扶桑的同时，也为故事后半部分的发展留下了悬念。