《哥斯拉之终极战役》几年前，人类在南极用超级战舰“航天”号打败了哥斯拉，将“哥斯拉”号封印在了地下。但除了《哥斯拉》，地球上还有许多怪物，盯上人类各大城市。于是，人类成立了“地球防卫省”来应对各种怪物的入侵。而地球防卫部最强大的成员，是封印了哥斯拉和它的队长“科隆·道格拉斯·戈登”的“猎魔人”。此外，为了应对怪物给人类带来的麻烦，地球防卫省还特意挑选了具有特殊能力的人类。这些“神人类”拥有常人所没有的“M染色体”，所以这些人类的身体能力比常人强。拥有应对怪物攻击的敏捷性，最好的之一是“尾崎新一少尉”。不久前，人们挖出了一个巨大怪物的遗骸，怪物具有停滞生物的本质，质疑能够将生物与停滞生物结合的怪物应该来自外太空。很快，尾崎真一就收到了宝贝岛“小美人”的警告。这个怪物就是被“摩斯拉”封印的“盖刚”。盖刚的出现，代表着人类的危机。盖刚出土不久，世界各地突然同时被各种怪物袭击，让地球防卫省一时间忙得不可开交。但是突然出现的神秘飞行器将这些怪物全部带走了。这些自称“X星”的外星来客，宣称自己是人类的朋友，想与人类建立联盟，甚至宣称有一颗巨大的星球即将撞击地球。然而，在尾崎真一、道格拉斯等人的调查下，却发现根本没有神秘的行星会撞击地球。而那些怪物简直就是外星人入侵地球放出来的，X星人基本想拿人类当食物。虽然外星人的真面目已经暴露，但外星人拥有令人难以置信的超能力，以及他们手下的巨大怪物。地球防卫军终于全军覆没，只剩下猎魔人还留着。这时，道格拉斯想出了一个大胆的策略，那就是解开南极洲哥斯拉的封印，让代表地球上最强大怪物的哥斯拉面对这些外星入侵者……