《哥斯拉之世纪必杀阵》一只闪亮的红色哥斯拉在摧毁了香港岛和九龙繁华的商业区后登陆香港并离开。后来，东京潜艇队道也因隧道迟缓的主轴融化而不断发生事故。哥斯拉身上的冷却系统被破坏，核心分裂并迅速启动，变成了一个会走路的核电站。与此同时，东京水族馆发生了一件神秘事件——水族馆里的鱼被残废肢解。经过研究，发现一些生活在2亿多年前的地层生物是由迪西亚造成的。在临海府都心，自卫队出动冰冻战车迎战不明生物——迪西亚和哥斯拉。这时候，哥斯拉的体温终于达到了1200百度，很可能会引发一场毁灭全人类的核爆炸……