《风云九州3》一夜之间，华山慕容府数千人惨遭屠戮。经历过外训的慕容家三小姐慕容烟雨侥幸逃过一劫，却遭到江湖各方势力的怀疑。女孩的家庭发生了翻天覆地的变化，直觉告诉他，江湖第一宗的屠杀，隐藏着不为人知的秘密；这是他第一次体会到九州的融合。武道大会召开，慕容烟雨成为众矢之的。巨大的压力之下，慕容烟雨的心魔骤然升腾，火焰化作恶魔，变得嗜血。段如风受人之托，将慕容烟雨送到了天龙寺。段如风看到了自己和别人的差距，自己修炼的法术也被别人看穿了。见其不同，心若善，魔亦成佛。笼罩九州的阴谋已经展开，段如风是这个世界上唯一的变数，而这一切他都不知道；几个月后，段如风和慕容烟雨离开了天龙寺……