《飞天神鼠》故事发生在北宋，金兵入侵，百姓苦苦挣扎，皇帝胆小，派九皇子赵构为使金英求和，金英被囚。武者李马（孙晨光饰）说，他偷偷潜入军营，想救赵构，却被敌人伏击。不仅任务没有完成，而且伤亡惨重，赵构的下落也再次下落不明。在沾义镇，李马遇到了铁树英雄和他的两个女儿大山（陆影饰）和小山（汪言饰）。铁树英雄被陷害，临死前将大山和小山托付给利马，三人继续前行营救赵构。在这个过程中，两个女孩逐渐爱上了温文尔雅的利马，小山选择了退出，利马和大山也遭到金兵的伏击，形势十分危急。