《代理院长》小动物医院院长程潇出国参加世界宠物理事会大会，在会长离任前的工作安排中，钱德良临时担任会长主持全盘工作。俗话说“新官上任三把火”。钱德良的三把火烧完后，员工们议论纷纷。但无论大家怎么议论，钱德亮对工作的热情都得到了大家的一致肯定。一天，钱德良和一位名叫孙凤娟的女士在路上救了一只流浪狗。孙凤娟和在中毒研究中心工作的丈夫李洪涛正在为离婚争吵。情绪低落时，孙凤娟收养了一只她取名“小东西”的流浪狗。不愿回到母亲身边的她，悄悄拆开被法院查封的新兴小区新房，带上收养的“老虎”和“小东西”暂住。钱德良主持工作后不久，刘阿姨的小区宠物狗离奇死亡。就在钱德良和李医生为刘阿姨的宠物狗的死因争论不休时，孙凤娟的“虎子”也病倒了。尽管钱德良拍着胸脯保票，但没过几天，“老虎”也离奇死亡。钱德亮主持的动物医院先后有两只宠物死亡，动物医院对社会的信任度直线下降。为了医院的正常运转，钱德亮自掏腰包解决了医院的资金周转问题，还背着妻子姜芳将自己的下岗抚恤金投入了医院。这时，新兴社区的宠物猫狗相继病倒。随着患病猫狗的不断增多······