《超班宝宝》故事讲述心童（赵廷根饰）从小缺乏母亲的关爱，由父亲天雅（林家栋饰）独自抚养长大。表面上，两人是模范父女。然而，双方实际上缺乏沟通。某天，心童遇到了从实验室逃出来的思哲（原岛大地饰）。从转基因食品“超级宝贝”中长大的思哲，智商远超同龄儿童。不过，“超级宝贝”虽然可以提高孩子的智商，但也会让人患上躁狂症，思哲也不例外。另一方面，“超级宝贝”总裁Chole（田蕊妮饰）发誓要找回思哲，心彤和思哲却潜入“超级宝贝”总部，发现了她的阴谋。转基因食品对儿童的副作用被忽视了。心彤将此事告知天机，两人决心查明真相，以免更多的孩子受害。过程中，三人互相扶持，思哲也被欣彤父女的爱所感动，渐渐主动起来。与此同时，思哲也让心童和女儿敞开心扉，反思彼此的感情。