《不良神探》故事以清末民初为背景展开。讲述了湖北某小镇发生的所有耸人听闻的杀人抢劫案件的故事。镖人秦刚死得离奇而悲惨。镇警探邓龙受命调查。邓龙和助理宋飞燕勘察现场后不久，便确定嫌疑人为化名陈天河的男子。被捕的陈天河承认自己没有触犯案情，并直接承认谋杀是他自己的工作。这让邓龙有些疑惑，派宋飞燕继续调查，搜集可能遗漏的细节。案情在此时朝着一个意想不到的方向展开，事情远没有邓泷等人想象的那么简单。过去，一切都始于十年前的一起冤假错案……