《暗杀教室：修学旅行篇》曾几何时，一个神秘怪僻的生物（关智一配音）将月球的70%蒸发掉，并且扬言在次年的3月妨害地球。为了捍卫地球，各国政府出动军队，支使最先进的武器攻击这个可怕的怪物，可是他们用尽了各种办法，却没有起到任何效果。谁知就在恐慌逼近的时候，该生物竟然来到椚丘中学3年E班担任教授，以潮田渚（东山奈央配音）、赤羽业（冈本信彦配音）为首的学生们各显其能，试图干掉这个“杀教授”，无奈对方拥有20马赫的速度，杀他几乎成为一件不可能的任务。平静的日子缓缓流淌，学生们丝毫没有放弃暗杀教授的念头。这成天，京都的修学旅行即将举行，少男少女各自组队，准备迎接快乐的时刻，同时筹备对“杀老师”进行新一轮的暗杀……本片根据松井优征的漫画改编。