《暗杀教室第一季》故事发生在君丘中学三年级E班。显然，这是一个普通的班级。然而，事实上，这里的人，都是高手，狠毒的杀手。每年，他们通过特殊渠道接受来自世界各地的暗杀，为各国领导人服务。这一次，他们有一个统一的目标——刺杀班主任，杀死班主任（福山纯配音）。杀死老师是一种神奇的存在。它的外表不是人类，但却有着极其敏感的神经和极其迅速的反应能力。没有人明白它是从哪里来的，也没有人明白为什么会变成三年E班的班主任。因为想要毁灭地球，杀老师成了暗杀名单上的高价人物。作为E班三年的学生，只要成功击杀杀戮老师，就可以毕业。就这样，围绕着这位神秘老师，充满了伤害的日常生活展开了。