《阿基米德大战》故事以1930年代的日本为舞台，日本海军计划对美国开战，要建造世界最大的战舰大和，海军少将山本阻碍这个计划，而日本百年一遇的人才，被称为阿基米德再世的天性数学家櫂直发现了其中的冲突点，作为数学家他认为巨额投资、建造费与报价额之间的冲突表露了军部的阴谋。