《TOKYOMER移动的急救室电影版》正式认可半年。为了在全国政令指定城市开展MER，代替离开队伍的音羽（贺来贤人）的第二医生问题让喜多见（铃木亮平）头痛不已。在队伍内希望比奈（中条绫美）升格的声音也提高，不过，音羽断言比奈应该向循环器外科的道前进。比奈也感到压力，烦恼着能不能代替音羽。这时，青户（伊藤淳史）作为支援医生来到MER。青户和音羽一样是厚生劳动省的医科技术官，表面上是作为第二医生候补的派遣，但那里有厚生劳动省方面的想法。　　就在这时，隅田川发生了大型水上巴士和屋形船的碰撞事故。载着很多伤员，失去控制的屋形船暴走了。虽然是赶往现场的MER的成员们，但是因为不能接舷，所以不能进入。并且由于船底内部的燃料泄漏，装载了很多的患者爆炸的可能性被发现！喜多见等人为了救助被遗弃的人们，进行了意料之外的作战。那正是决死的挑战。