《追逐星星的孩子》在一片宁静的小山村，少女渡濑明日菜（金元寿子配音）常常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中，明日菜受到一头怪兽的袭击，关键功夫她被俊美少年瞬（入野自由配音）救下，纯洁的友谊在少男少女之间开始萌芽。明日菜体味着友谊的甜蜜，却不知瞬在某天悄然摆脱尘世。新来的男老师森崎龙司（井上和彦配音）为孩子们讲述了死国的传说，明日菜这才意识到瞬正是来自另一个世界雅戈泰的人。森崎真实身份隶属某个神秘组织，他和明日菜的心中都有想要复活的人，于是经过一波三折，他们随着瞬的弟弟心一同来到了传说中的雅戈泰。在这个绝美而凄惶的国家，他们展开了犹如永无止境的旅程……