《正义联盟：亚特兰蒂斯的宝座》一艘海军潜艇在马里亚纳海沟神秘沉没。正义联盟派出机械人维克多（谢默·摩尔配音）前去调查。不料，维克多在事故现场遭到一群神秘对手的袭击。之后，超人（杰瑞·奥康奈尔配音）、戴安娜（罗莎里奥·道森配音）、闪电侠（克里斯托弗·戈勒姆配音）、绿灯侠（内森·菲利安配音）、蝙蝠侠（杰森·奥玛拉配音）、队长正义联盟伙伴们纷纷齐聚总部，经过联合调查，发现幕后真凶竟与远古亚特兰蒂斯有关。这群深海战士在野心勃勃的奥姆王子的带领下向人类宣战，两个种族之间的全面战争即将开始。危机时刻，不久前刚刚失去父亲的亚瑟（马特·兰特配音）成为了此事的关键。以此为契机，亚瑟和整个正义联盟的命运都发生了改变……