《智能谍变》黑夜里，狭窄的小巷中，一个男人被追赶到僻静的角落，发现有一个女乞丐用怪僻的眼神审视本人，之后男子面对探头遽然眼窝充血，哀号后不省人事。在医院里，由于男子的社会保险过期，所以在大夫斯戴克勒（神奈川宏幸HiroKanagawa饰）的授意下，他被送到了神秘的F病房。在这里，一位兴高采烈的女士见到了自己奄奄一息的丈夫卢克（小库珀•古丁CubaGoodingJr.饰），后者因遭遇车祸而受伤。不久，卢克身怀有孕的妻子离开了人世，这让他悲伤欲绝。为了查明真相，他开始回忆，把短信、博客、电邮等一系列的存档通通调出来，慢慢地发现了眉目。原来，他的大脑其实被植入了Hexx公司的芯片，后者利用他的生命在做着不可告人的勾当，为了揭穿Hexx公司的丑恶蓄意，卢克开始了一个人的抗争……