《镇妖提刑司》寂静的边疆村落里，一个接一个地展示着奇怪的尸体，谣言四起，仿佛有什么邪恶的东西。幕府宫主的女儿翁小婉恰巧在案发现场，请求刑警宋辞过去调查此事。宋辞曾惊叹于世间奇术——“邪眼术”，却因案中失误而郁闷。不想回世的宋辞意外发现，这些尸体似乎有着千丝万缕的联系，而且死因是异常手段，这显然有违常理。为了不让更多人死亡，他决定接受小婉的请求。调查过程中，宋慈被“幕府”宫主阻挠。这一刻，他才发现，这一切，都隐隐约约与二十年前那件怪事有关。二十年前，这片土地上曾经住着一个叫做方洛部落的部落，但不知为何一夜之间消失了。幕府的建立，方洛部落的消失，连环杀人案的出现，究竟有什么秘密？