《再见,朱庇特》2125年,为了寻找新的能源(人口爆炸到一百来亿了),太阳系开发机构决定推进“木星太阳化计划”,定于2140年实现这一计划。驻扎在前线基地“米涅瓦”的计划主任本田英二(三浦友和)就在这时候与失去接洽多年的恋人马利亚重逢了,但是他不知道的是,玛丽亚是旨在破坏这一计划的极其环保构造“木星教团”的破坏小组组长!在宇宙语言学家威廉姆的帮助下,英二乘坐木星探查艇“JADE-III”探访了数万年前来访的宇宙人的飞船“木星之魂”。另一方面,英二的伙伴PILOTKING和天文学家井上乘坐的宇宙船遇难,观察的截止,是遭遇黑洞所致!太阳系面临被黑洞吞噬的紧急!处置紧急的方法只有一个,通过引爆木星来改变黑洞的轨道(剧组在这个问题上花了很大的精力,甚至动用了计算机做考证和计算工作)。英二与基地内人员所有为挽救太阳系而努力的时候,玛利亚带人杀进了基地。。。。。