《异形大战忍者》日本战国时期，分属不同大名的忍者集团也在暗处进行着角力。在一个月朗星稀的夜晚，伊贺忍者耶麻汰（三元雅芸饰）、阵内（柏原收史饰）、老鼠等人执行刺探任务时意外与对手相碰，期间天空中忽然飘过一个巨大的火球，令众人颇感意外。耶麻汰等回到村中后，在首领的指示下又去森林中探查火球的真相。途中他们邂逅同属一派的凛林（肘井美佳饰）及其同伴，众人结伴同行。结果在密林中，伊贺忍者们遭到不明生物的袭击。对方敏捷迅速，杀伤力巨大，忍者们接二连三遇害。耶麻汰、阵内、凛林等人虽侥幸逃出，殊不知来自外星的异型正大肆繁殖。一时间，伊贺村落惨遭荼毒，耶麻汰等也面临前所未有的挑战……