《银河铁道999》未来世界,人类文明高度发达,智能机器人大量涌现,已在日常生活中占据重要的位置,而且人类为了获得永恒的生命,也尝试将自己改造为机器人。同时,一列名为“银河铁道999号”的宇宙列车担负起连接地球和宇宙文明的使命,星系从此不再遥远。少年星野铁郎(野沢雅子配音)的母亲被嗜好杀戮的机械伯爵杀害,他肩负母亲的嘱托,决定前往安达罗星云改造身体,为此鄙弃在车站抢夺他人的银河铁道999号车票,然而也因此邂逅了容貌与母亲极其相像的梅蒂尔(池田昌子配音)。依附梅德尔的扶助,他毕竟踏上999号列车,继而展开一段充满未知的旅程……本片为第一部剧场版动画。