《移动迷宫2》托马斯、米诺和他的团队被带到一个神秘的避难所。该机构由不同的詹森管理。詹森为他们提供了一个稳定舒适的环境，并命令乌兰战士进入医学实验室。在中国接受了一系列测试后，詹森向托马斯保证，他们将被送到一个更安全的避难所，与其他对“闪光病病毒”免疫的年轻人一起生活。托马斯意识到了一些奇怪的事情，决定再次带领他的朋友们。逃离杰森的控制，等待他们的是比迷宫还危险的焦土