《妖怪大战争守护者》故事将以沉睡在麦格纳窝中的古代化石为背景展开，它们聚集成巨大的怪物并前往东京。人类将其视为天灾，只有妖怪注意到了发生的事情，开始为未来担忧。这样，世界就会消失。或许可以用继承了传说中的怪物猎人血统的埼玉县所泽市的小学生渡边先生来阻止这种局面。