《永不消失的彩虹》故事的舞台是海岸边上的楢崎町，在这个小镇上有两种超常现象，其中之一是长久生存的彩虹，还有一个就是被称为“Gift”的魔法，它可以实行这个镇上的原住民的一个愿望。有一天，曾经和主人公一起在小镇上生活过的义妹“莉子”又回来了。然后主人公和青梅竹马的“雾乃”之间的关系爆发了一些变化，而且还遇到了……